某公路工程项目，建设单位与甲施工单位按《公路工程标准施工招标文件》(2009年版)签订了施工合同，合同工期2年。经项目监理机构审查，并经建设单位同意，甲施工单位将其中的专业工程分包给乙施工单位。 该工程在施工过程中发生以下事件： 事件1：甲施工单位在基础工程施工时发现，现场条件与施工图不符，遂向项目监理机构提出变更申请。总监理工程师指令甲施工单位暂停施工后立即与设计单位联系，设计单位同意变更，但同时表示无法及时提交变更后的施工图。总监理工程师将此事报告建设单位，建设单位随即要求总监理工程师修改施工图并签署变更指令，指示甲施工单位实施变更。 事件2：监理工程师巡视时发现，乙施工单位未按审查后的施工方案施工，存在工程质量、安全事故隐患。监理工程师分别向甲、乙施工单位发出整改通知，甲、乙施工单位既不整改也未回函答复。 事件3：工程交工结算时，甲施工单位以事件1中基础工程设计变更所增加的费用列入工程交工结算申请，总监理工程师以甲施工单位未及时提出变更工程价款申请为由，拒绝变更基础工程价款。 事件4：工程交工验收前，项目监理机构根据《建设工程文件归档整理规范》的要求整理、归档资料，其中包括以下内容： (1)工程开工审批表； (2)图纸会审会议纪要； (3)分包单位资格材料； (4)工程质量事故报告及处理意见； (5)工程费用索赔报告。 [问题] 分别指出事件1中总监理工程师和建设单位做法的不妥之处；写出该变更的正确处理程序。