A注册会计师负责审计甲公司2012年度财务报表。在编制和归整审计工作底稿时，A注册会计师遇到下列事项，请代为做出正确的专业判断。 ABC会计师事务所的A注册会计师负责对甲公司2012年度财务报表进行审计。2013年2月15日，A注册会计师完成审计业务，并于5月15日将审计工作底稿归整为最终审计档案。2013年5月20日，A注册会计师意识到甲公司存在舞弊行为，私下修改了部分审计工作底稿。2013年6月1日，甲公司财务舞弊案爆发，A注册会计师擅自销毁了甲公司审计工作底稿。 [要求] 根据审计工作底稿准则和会计师事务所质量控制准则，回答下列问题： (1)A注册会计师在归整审计档案时是否存在问题，并简要说明理由。 (2)在归整审计档案后，A注册会计师私下修改审计工作底稿是否存在问题，并简要说明理由。 (3)ABC会计师事务所在保存审计工作底稿方面是否存在问题，简要说明理由，并简要说明ABC会计师事务所应当对审计工作底稿实施哪些控制程序。