监理工程师检查了承包商的管材并签证了合格可以使用，事后发现承包商在施工中使用的管材不是送检的管材，重新检验后不合格，马上向承包商下达停工令，随后下达了监理通知书，指令承包商返工，把不合格的管材立即撤出工地，按第一次检验样品进货，并报监理工程师重新检验合格后才可用于工程。为此停工2天，承包商损失5万元。 承包商向监理工程师提出工期费用索赔报告。 业主代表认为监理工程师对工程质量监理不力，提出要扣监理费1000元。
监理工程师怎样处理索赔报告？监理工程师承担什么责任？承包商承担什么责任？业主承担什么责任。