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地衣是由菌藻共生或菌菌共生的最典型例子，好氧性自生固氮菌与纤维素分解菌生活在一起是互生关系。

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环境条件改变或着生部位改变会导致正常菌群变成致病菌。

条件致病菌是指人体的正常微生物菌群进入非正常聚居部位，或生态结构发生改变而引起人类疾病的微生物。

人体肠道正常菌群与人体在正常情况下是互生关系，而在某些特殊条件下是寄生关系。

微生物与反刍动物瘤胃的共生关系：前者为后者提供生存环境；后者分解纤维素为纤维二糖和葡萄糖，为动物提供能量来源。