2005年1月至3月间，被告人万某多次在公交车上实施扒窃，共窃取钱物价值1000余元，后被公安机关抓获。公安机关侦查终结后，于4月12日移送人民检察院审查起诉。4月18日，人民检察院以证据不充分为由退回公安机关补充侦查。5月25日，公安机关再次移送审查起诉。后检察机关先后两次将案件退回公安机关补充侦查。8月12日，人民检察院以证据不足为由，作出不起诉的决定。公安机关认为该不起诉的决定有错误，拒不释放万某，并向上一级人民检察院提出复议。被不起诉人万某也不服，认为自己未犯罪，向上一级人民检察院提出申诉。
问：本案中哪些做法违反了法律规定，请指出并说明理由。